Nguyễn Huy Dũng sinh ngày 7 tháng 11 năm 1983, sinh ra ở Hà Nội và có nguyên quán tại Làng Trường Lưu, nay thuộc xã Kim Song Trường, huyện Can Lộc, tỉnh Hà Tĩnh, quê hương của dòng họ Nguyễn Huy.

Ông Nguyễn Huy Dũng là cựu học sinh Khối chuyên Toán trường THPT Chuyên Đại học Sư phạm Hà Nội, cựu sinh viên Trường Đại học Bách khoa Hà Nội.

Khi còn đang là sinh viên, ông Nguyễn Huy Dũng đã nhận được học bổng toàn phần để theo học chuyên ngành Công nghệ thông tin tại Đại học Công nghệ Nanyang (Singapore).

Ông cũng là một trong 10 gương mặt thanh niên tiêu biểu nhận Giải thưởng Quả cầu Vàng năm 2010 do Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh tổ chức[2].